本发明涉及隧道施工技术领域，尤其涉及一种内河沉管跨河道运输系统系统及短距离运输方法，运输系统包括轴线干坞，轴线干坞内设置的制动绞车、出坞绞车、后端位置控制绞车，以及设置于河道对岸的牵引绞车、前端位置控制绞车、抗流绞车；运输方法包括：S1、坞内移动；S2、沉管出坞；S3、二次舾装及船管连接；S4、绞移至沉放位置；通过绞移将沉管由干坞内运输至沉放位置，在绞移过程中进行二次舾装，无需单独设置二次舾装区，运输过程中无需系泊驻位，通过改缆和换缆操作，避免了缆绳与坞门、沉放船以及河道对岸树木等障碍物的产生干扰。降低的施工成本，提高了运输效率。