本发明公开了PEDV刺突（S）蛋白受体结合结构域（RBD）的优势B细胞抗原表位、其嵌合基因、重组菌株及其制备方法和针对其在ETEC和PEDV多联多价疫苗中的应用。本发明制备的F4‑F18‑PEDV‑S重组疫苗株能同时表达猪源ETEC的F4和F18菌毛，以及PEDV S蛋白RBD的优势中和B细胞抗原表位。提取的重组疫苗株的菌毛与弗氏佐剂乳化后免疫小鼠，在小鼠体内能同时诱导高水平的抗FaeG、抗FedF和抗PEDV S蛋白的抗体，并且免疫小鼠血清在体外能抑制F4+ ETEC和F18+ ETEC标准菌株对仔猪小肠细胞的黏附；对PEDV2b毒株（HSW）的中和效价达到1:80。该重组疫苗株有望开发成为预防ETEC和PEDV混合感染所致仔猪腹泻的多联多价疫苗，具有极大的应用价值。