本发明提供了一种骨缺损修复材料的制备方法及其应用，涉及生物技术领域。该制备方法包括使细胞‑水凝胶复合物接受动态机械刺激；细胞‑水凝胶复合物为埋置有骨髓间充质干细胞的水凝胶；动态机械刺激包括使细胞‑水凝胶复合物发生周期性压缩形变，压缩形变量不超过自身体积的10％，压缩频率不超过1Hz，每次接受动态机械刺激时间不超过1h，相邻两次接受动态机械刺激的时间间隔为18～30h。该制备方法制备得到的骨缺损修复材料能够有效促进骨组织再生。