本发明涉及一种养殖海域基准价格动态监测评估方法及系统，该方法包括以下步骤：获取本监测周期样点海域出让价格、养殖收益，上一监测周期的养殖海域平均价格、海域等别系数及养殖类别系数；基于获取的数据分别计算本监测周期的养殖海域平均价格、各县级行政区的海域等别系数及各类养殖方式的养殖类别系数，进而计算养殖海域所在省级行政区本监测周期的各县级行政区各类养殖方式的养殖海域基准价格。本发明样点数据需求较低，可操作性较好，能够充分体现不同养殖方式的经济收益和生态效益差异，有效实现了对养殖海域基准价格进行周期性的跟踪监测评估。