本发明公开了一种PCIe系统中串行热插拔控制器的实现方法，分为三个过程，分别为：配置过程、板卡插入过程、板卡移除过程，包括串行热插拔寄存器模块、寄存器控制模块、解析转换模块、I2C控制器模块、信号分析模块、板卡插入模块、板卡拔出模块；配置过程由串行热插拔专用寄存器模块、寄存器控制模块、解析转换模块、I2C控制器模块和信号分析模块实现；板卡插入模块和板卡拔出模块分别实现PCIe板卡的插入和移除。本发明解决了热插拔控制器个数单一、实现困难、应用不灵活的问题，大大节约了板卡热插入和热拔出的时间。