本发明涉及一种壳寡糖发酵控制方法及系统，涉及发酵控制技术领域，包括：获取发酵控制参数空间，随机生成多个初始发酵控制参数，根据初始发酵控制参数内的初始pH和初始壳聚糖浓度进行壳聚糖溶解分析，获得多个初始壳聚糖溶解参数，进行酶和壳聚糖的接触分析，获得多个初始壳聚糖接触参数，并进行酶和氧气的接触分析，获得多个初始氧气接触参数，分别结合多个初始发酵时间进行壳寡糖发酵预测，获得多个发酵产量参数和多个过分解参数，并计算多个初始发酵适应度；继续进行发酵控制参数的迭代优化，获得最优发酵控制参数，进行壳寡糖发酵控制。本发明达到了考虑酶与壳聚糖和氧气的接触情况，进行壳聚糖发酵控制优化提升发酵效果的技术效果。