本申请提供了一种燃料电池发动机的控制方法、装置和燃料电池发动机系统，燃料电池发动机包括电堆、汽水分离器、尾排阀和尾排加热管，该控制方法包括：在确定发动机要低温启动的情况下，控制尾排加热管开始加热；在尾排加热管加热的过程中，确定尾排阀和尾排管是否通畅；在确定尾排阀和尾排管通畅的情况下，确定发动机具备启动条件，控制发动机启动并控制尾排加热管继续加热，尾排加热管继续加热对应的加热功率小于开始加热对应的加热功率。该方案解决了现有技术中的方案因为停止阀加热而导致的可靠性低的问题，确保了发动机在全低温环境中可靠、安全地工作。