本发明公开了一种抑郁症生物标志物发现装置，包括：交互模块，其用于接收用户输入的抑郁症相关的数据分析需求；生物标志物发现模块，其包括抑郁症相关的转录组学数据库模块、单细胞/单核转录组学数据库模块、表观基因组学数据库模块和基因组学数据库模块，用于满足数据分析需求；处理模块，用于根据交互模块接收的数据分析需求从生物标志物发现模块中获取的转录组学、单细胞/单核转录组学、表观基因组学和/或基因组学水平的差异基因表达情况的结果及数据输出，以寻找抑郁症相关生物标志物。通过本发明的装置，进而发现抑郁症疾病或治疗相关的生物标志物，为抑郁症领域的转化研究提供易获取的工具，进而为神经精神类疾病的研究及转化提供更多数据和平台。