本发明提供了一种雷达‑红外光电轴高精度自动校准系统及方法，包括：红外校准分系统和雷达校准分系统设置在一体化机械结构件内；红外校准分系统，用于对红外光轴指向误差进行测试；雷达校准分系统，用于对射频电磁辐射形成的静区近似平面波场的振幅分布、相位分布和电轴指向误差进行测试；校准控制系统，用于控制红外校准分系统和射频校准分系统；基于红外光轴指向误差和电轴指向误差计算光‑电轴指向误差，并判断光‑电轴指向误差是否满足预设要求，当不满足预设要求时，则对电轴和光轴进行校准，重新对红外光轴指向误差进行测试以及对电轴指向误差进行测试，直至直至光‑电指向误差满足预设要求。