本发明属于核酸疫苗制剂领域，具体涉及一种核酸疫苗和核酸免疫佐剂共载复合脂质纳米制剂，该制剂由特定组成和结构的脂质载体在内部载荷核酸疫苗，在外部载荷核酸免疫佐剂。该复合纳米制剂在接种后，外部的核酸免疫佐剂在生理环境下逐渐释放，募集并激活包括抗原递呈细胞等相关免疫细胞，而核酸免疫佐剂释放后的正电性核酸疫苗脂质纳米颗粒可以有效递送核酸疫苗进入细胞并表达抗原，结合核酸免疫佐剂激活的免疫细胞，诱导产生更强的特异性和非特异性免疫应答，在病毒感染等的免疫预防和治疗方面具有较好的应用前景。