本发明提供了一种多物种多机协同间作播种系统，包括中央控制器、料斗和飞行器；中央控制器内设有直角坐标系和多个云端存储器，中央控制器用于接收用户基于该直角坐标系输入的若干个穴位坐标和物种信息，再将同类物种信息相应的穴位坐标送入相应的云端存储器存储，云端存储器用于使穴位坐标按照特征规则逐个输入云端存储器内存储或从云端控制器逐个输出；料斗的下端安装有落料阀，料斗的表面设有跳帽，飞行器设有终端控制器和CMOS跳针，采用本发明的技术方案，穴位坐标根据物种信息分类存储于各个云端存储器内，使数据可长时间留存，能够避免播种穴位重叠或交叠的情形，提高了播种效率，减轻了劳动强度。