一种电动脚踏车的电动机变速的控制系统，包括：一控制模块及一驱动模块。该控制模块至少包含一微处理器、一感测单元及一第一通讯单元。该感测单元与该微处理器电性连结，以安装于该电动脚踏车的踩踏结构上。该驱动模块包含一第二通讯单元及一调速器。该第二通讯单元是与该第一通讯单元讯号连结。该调速器是与电动脚踏车的电池模块及电动机电性连结。其中，以该感测单元感测该踩踏结构的踩踏力量，经该微处理器分析后，由该第一通讯单元将讯号传递至该第二通讯单元接收，并传至给该调速器以驱动该电动机变速。以此，可通过不同的踩踏力量来控制电动脚踏车的电动机变速。