本发明涉及定位配准技术领域，尤其涉及一种基于光学定位器快速系统配准的方法。所述方法包括以下步骤：通过将红外相机以及LED灯安装固定在CT病床的患者手术部位区域上方，并基于CT病床的患者手术部位区域对标定球进行位置覆盖分配优化，以得到光学标定球适配覆盖分布位置；基于光学标定球适配覆盖分布位置将标定球错落分布在CT病床的患者手术部位区域上；对CT病床的患者手术部位区域进行CT影像扫描和标定球定位处理，得到手术部位标定球CT影像坐标；通过手持标定工具手柄将标定针尖置于标定球上，并对标定球进行位置跟踪分析和影像配准处理，得到患者手术部位CT影像配准结果。本发明能够大大提高了分析系统的影像配准效率。