本发明提供一种基于菌藻共生系统的生态护坡构建方法，涉及径流污水治理技术领域，包括如下步骤：将生物炭与陶粒混合，然后在120～160℃、4～6MPa条件下反应8～20h，冷却后加入保水剂，得到微生物载体材料，然后施加在河道护坡土壤表层；在河道护坡划分乔木区、灌木区、草本植物区和挺水植物区，并分别种植乔木、灌木、草本植物和挺水植物；将菌藻混合液喷洒在河道护坡土壤表面，形成生物土壤结皮。本发明利用生物炭的多孔结构改善土壤容重与孔隙结构，搭配陶粒和保水剂，可以提高土壤通透性、含水率和持水能力，促进菌藻生长，从而提高净化效果，并利用植被缓解了水流对河岸的侵蚀，解决了河岸的防洪措施破坏河流完整性的问题。