本发明公开了一种用微生物分层降解污水中有害物质用的物质的方法，属于污水处理领域，包括污水的分层处理，对微生物监测单元，对污水检测单元，优化控制器。污水的分层处理包括三层处理每层方法是：活性污泥法，生物膜法，厌氧生物处置法，对污水中藻类，细菌等有害物质的分解；对微生物检测单元用于对可利用微生物的温度、氧气、pH、营养物质、压力、辐射和盐浓度等的检测；对污水检测单元用于对每层降解的污水进行水质检测；最后经由优化控制器调节三层之间的顺序，以确保分解的高效性。