本发明提供一种用于燃煤发电厂机组能耗分析方法及系统，涉及能耗分析技术领域，包括获取机组参数，构建守恒方程，通过有限体积法分解守恒方程对应的求解域并生成离散方程组，对所述离散方程组进行求解得到场分布，计算机组中设备对应的黏性熵产率和热熵产率，建立熵平衡方程确定所述设备对应的设备熵产率，进而构建目标函数，结合决策变量求解所述目标函数，得到初始运行方案。基于运行方案生成初始鲸鱼种群，设置多目标优化算法对应的算法参数并计算所述初始鲸鱼种群中每个个体的适应度值，更新个体位置并执行差分进化进行迭代，最终选择最优个体得到最优运行参数。