本发明提供一种隧道钻孔溶解有害气体原位检测系统及方法，涉及钻孔溶解的甲烷浓度检测技术领域，包括：集合构建模块，用于选取隧道中长度为L米的路段，将其设定为甲烷浓度检测区，并将检测区内的钻孔按照顺序编号，形成集合A，标注检测的所述集合A中每一个钻孔对应的甲烷浓度测试值，并构成测试值集合B；数据采集模块，用于采集所述集合A中每一个钻孔水中的甲烷浓度的环境影响参数和检测设备影响参数，所述环境影响参数包括温度系数和水压系数。本发明利用上述多个模块的配合，采集多个影响甲烷浓度的相关参数，可以准确地测算钻孔水中溶解的甲烷浓度，从而保证了地层稳定性和地表中的甲烷浓度的准确评估。