本发明提供一种多工质电推进器优化方法及系统，涉及推进器优化技术领域，包括：基于电推进器的设计参数建立对应的三维仿真模型，对三维仿真模型对应的计算域进行非结构化网格剖分，生成六面体网格，近壁面区域构建有限体积离散方程，得到网格坐标信息；耦合求解当前网格上的泊松方程得到等离子体宏观参数位置分布，建立非线性耦合模型，以推力，比冲和能量利用效率为目标构建目标函数，结合多目标优化算法求解目标函数，得到最优工作参数；基于最优工作参数，进行数值模拟，设置约束条件并通过变网格自适应算法对电磁场激励参数进行求解，得到最优电磁场激励参数，基于最优工作参数和最优电磁场激励参数，组合得到推进器优化方案。