本发明提供一种轻量化电推进系统的故障诊断方法及系统，涉及故障诊断技术领域，包括基于历史数据和结构数据，确定故障因果关系和部件依赖关系，构建故障树和指向图，构建初始图模型，将节点映射到低维稠密向量空间中，确定节点嵌入式表示，生成故障知识图谱；基于节点嵌入式表示，搜索获取对应的邻居嵌入式表示，通过对节点和邻居进行卷积操作，提取节点高层特征表示，确定故障关联关系，并通过池化操作，提取故障重要度表示，构建故障关联特征提取网络；将轻量化电推进系统的实时监测数据输入故障诊断模型，提取实时监测数据对应的故障关联特征和重要度特征，通过故障分类器，结合故障知识图谱，进行分类决策，确定故障诊断结果。