本发明提供了一种合成乳清酸的工程菌，利用CRISPR基因编辑技术在大肠杆菌基因组内整合了氨基甲酰磷酸合成酶carAB、天冬氨酸氨基甲酰转移酶pyrBI、二氢乳清酸酶pyrC和二氢乳清酸脱氢酶pyrD以增强下游途径，其次在宿主内整合天冬氨酸氨基转移酶aspC和嘧啶核苷酸脱氢酶pntAB提高前体供应量。上述基因工程菌与原始的需要导入质粒生产乳清酸重组工程菌相比，利用此工程菌生产乳清酸具有稳定性强、转换率高和生产成本低等优点。