本发明公开了一种高蛋白饲料原料的制备方法及其应用，包括以下步骤：(1)将干料进行浸泡，料水重量比为100：(40～50)，浸泡时间为4～5小时；(2)将水温降到36～38℃，将糖化酶、纤维素酶、酿酒酵母、解淀粉芽孢杆菌、根霉菌同时接种到已浸泡4～5小时的原料中，充分拌匀；(3)先进行固态发酵48～72小时，环境温度控制在36～38℃；(4)将固态好氧发酵过的原料，按料水重量比为1:(1.5～2)的比例加入清洁的水，放入密封发酵桶内，同时再加入的糖化酶、纤维素酶、酿酒酵母进行半固体发酵，发酵时间为40～50天,发酵时控制环境温度为31～33℃。本发明采用菌酶协同进行两步发酵，先进行好氧固态发酵，再进行半固态发酵，所得原料具有较高的粗蛋白含量，且性质稳定，储存时间长。