本发明公开了一种基于货架仓储的搬运系统，属于物流仓储技术领域，包括：多排货架，相邻两排货架之间沿高度方向设置至少一台搬运机器人，并相应设置供所述搬运机器人行走的至少一组货架导轨；所述搬运机器人包括母车和载货台，所述载货台上设置有侧向取放货装置，所述载货台通过多个升降带与所述母车上设置的升降驱动机构连接，以实现沿货架高度方向的升降；所述母车设置有行走轮组，并通过所述行走轮组沿所述货架导轨移动，以带动所述载货台水平移动。该系统的搬运机器人可沿设置在货架的导轨水平移动以进行取放货，且在同一巷道设置多个搬运机器人时，搬运机器人之间互不干涉，可以同时作业进行取放货，提高复合作业效率。