本申请公开了用于预测呼吸道传染病再发风险和疫苗株的方法及系统，应用于数据预测技术领域，方法包括：获取历史时间段内呼吸道传染病的变异株进化率、感染率和特性数据作为历史流行病学数据；根据历史流行病学数据构建第一预测模型和第二预测模型；根据第一预测模型对未来时间段内呼吸道传染病的感染率进行预测，得到呼吸道传染病的未来感染率序列，根据第二预测模型对未来时间段内呼吸道传染病的变异株进化率进行预测，得到呼吸道传染病的未来变异株进化率序列；根据未来感染率序列和未来变异株进化率序列，得到呼吸道传染病的再发风险信息和疫苗株信息。本申请提高呼吸道传染病的再发风险的预测精度和疫苗株的推荐精度。