本发明属于生物化工技术领域，公开了一种马链球菌兽疫亚种菌株及其在生产透明质酸中的应用。本发明提供的马链球菌兽疫亚种菌株是KM‑32菌株，该菌株以马链球菌兽疫亚种(Streptococcus equi subsp.zooepidemicus)GDMCC No:60146为出发菌株，经N+离子注入诱变和筛选获得，提高了透明质酸的发酵产率，显著降低了透明质酸的原料成本，在摇瓶发酵条件下，该菌株的透明质酸发酵产率可达1.16g/L，较出发菌株提高了38.6％，发酵罐发酵的产率可达6.87g/L。