本发明公开了一种于GPU的异构实时视频加解密方法和系统，方法包括以下步骤：S1，通过主线程获取密钥K和原始视频V；S2，主线程以原始视频V中的单帧图像为对象，创建n个加密任务；S3，创建m个子线程；S4，主线程计算单帧图像的哈希值，并融合所述哈希值和密钥K，生成第一密钥序列；S5，生成混沌的第二密钥序列；S6，将生成的第二密钥序列与视频帧传至显存，调用GPU完成计算任务；S7，获取单帧图像的加密结果上传至内存输出，完成解密过程；S8，接收端将加密视频作为输入，重复S1‑S6的步骤，生成解密所需的密钥序列，且执行解密过程中GPU上的计算任务，获取单帧图像的解密结果上传至内存输出，完成解密任务。提升了计算机的资源利用率和系统吞吐量。