本发明公开了一种磁场测量延迟下的扰动抑制方法及系统，涉及主动磁场补偿系统技术领域，包括以下步骤：S1：通过AD模块采集OPM传感器测量的磁场输出；S2：采用Smith预估器对OPM传感器的时滞进行预估；S3：通过预估值对OPM传感器真实输出进行补偿，将理论模型和补偿后的输出值作为控制器的输入；S4：补偿后的输出值通过干扰观测器和相位调节器对系统干扰进行预估，进而校正控制器输出；S5：将校正后的值通过DA模块输入给压控电流源；S6：压控电流源给磁补偿线圈施加电流，实现扰动的抑制，本发明的有益效果为：可增强磁屏蔽装置扰动抑制能力，提高磁屏蔽装置内部磁场的动态稳定性，实现对环境干扰及时有效的抑制，保证心脑磁信号的有效采集。