本发明提供了一种耐腐蚀柔性电子器件封装结构及其制备方法，属于柔性电子器件领域。所述封装结构包括依次层叠设置的第一封装层、第二封装层和第三封装层，所述第一封装层包括有机化合物材料，所述第二封装层包括无机氧化物材料，所述第三封装层包括含氟聚合物材料，所述有机化合物材料包括派瑞林、聚酰亚胺或聚四氟乙烯中的至少一种，所述无机氧化物材料包括三氧化二铝、二氧化硅、二氧化钛、氧化镁、氧化锆或氧化锌中的至少一种，所述含氟聚合物材料包括聚偏氟乙烯、全氟(1‑丁烯基乙烯基醚)聚合物或全氟烷氧基树脂中的至少一种。所述封装结构具有良好的柔性、水氧阻隔能力、耐有机溶剂腐蚀性能和耐酸碱腐蚀性能，适用于柔性电子器件的封装。