本申请提供了一种倒装芯片球栅阵列的散热器结构及其制作方法，涉及半导体技术领域。该倒装芯片球栅阵列的散热器结构包括基板、功能器件、第一散热层、散热盖、散热块和第二散热层。功能器件设于基板上并与基板电连接。第一散热层设于功能器件远离基板的一侧。散热盖设于基板上，并罩设功能器件。散热块设于散热盖远离功能器件的一侧。第二散热层设于散热块和散热盖之间。第一散热层和功能器件的厚度之和等于第二散热层和散热块的厚度之和。该倒装芯片球栅阵列的散热器结构能实现较好的散热性能，且封装质量可靠。