本发明公开了一种基于快速傅里叶卷积的激光雷达盲区重建方法及系统，方法包括获取初始有盲区激光探测数据，生成模拟无盲区探测数据；通过对模拟无盲区探测数据进行盲区设置，得到盲区模拟数据集与真值数据集；利用数据集训练基于快速傅里叶卷积神经网络的盲区重建网络模型，学习盲区范围内的大气分布特征，从而实现对近场盲区的重建，系统包括激光雷达信号发射与接收处理模块、无盲区数据生成模块、盲区范围自定义模块、盲区重建网络训练模块、盲区重建网络重建模块、重建质量评估模块；本发明能够基于传统有盲区的激光雷达系统的实际大气探测数据，重建盲区缺失的数据，最终实现了连续的无盲区大气观测。