本发明公开了一种自动化立体物流仓库及其运行方法，涉及物流仓库运输存储技术领域。本发明包括物流存储零部件，以及控制物流存储零部件运行的运行系统；所述判别模块：用于对物流存储零部件中不同种类的货箱的货位分配进行优先级判别，所述判别模块对货位分配判别分为三个判别等级，第一等级根据货架中以及下区域的满载率是否过载；第二等级根据货架上各货位空间剩余容积大小是否符合当前待分配物流存储零部件容积大小；第三等级根据计算模块对该存储零部件存储至某一货位上的出入库效率进行计算。本发明通过方法能够有效地解决物流存储时某一类型物流存储零部件存储过载的问题，保证了立体仓库中货架存储物料时的稳定性。