本申请公开了一种基于多元数据的找矿靶区定位方法、系统、电子设备及存储介质。本申请通过对目标区的地质数据集、地球化学数据集、地球物理数据集进行处理，得到岩性变量、断层变量、岩体变量、地球物理M均值中心聚类分析变量、原始地球化学单元素变量、地球化学M均值中心聚类分析变量、地球化学线性降维投影变量、地球化学非线性降维分析变量，融合这些变量得到多元预测变量图层；将矿化点与非矿化点变量作为分类图层；将多元预测变量图层分别输入至少三种不同的机器学习模型，基于所有的机器学习模型的分类评估数据，选择表现最佳的机器学习模型作为最终矿点分类模型；基于最终矿点分类模型，输出目标区的矿产分布概率图。