本发明涉及中药鉴别技术领域，尤其涉及一种鉴别诃子基原的试剂盒及应用。本发明提供的试剂盒包括由序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物和序列如SEQ ID NO.2所示的下游引物组成的引物对HZ‑ndhD以及由序列如SEQ ID NO.3所示的上游引物和序列如SEQ ID NO.4所示的下游引物组成的引物对HZ‑ITS2m中的至少一种。该试剂盒中的两组引物对能够特异性扩增诃子的特征序列，通过对扩增所得序列的比对，可以进行诃子基原的定性鉴定及中成药中的诃子基原分析。