本发明提供一种轻型水陆两栖飞机襟翼控制系统，该系统包括扭力管、摇臂、液压作动筒、安装支架和襟翼操纵电路，摇臂的第一端与扭力管的外周壁连接，摇臂的第二端与液压作动筒的驱动杆连接，襟翼操纵电路驱动液压作动筒控制扭力管沿扭力管的轴线转动；襟翼操纵电路包括第一位置开关、第二位置开关和第三位置开关，第一位置开关、第二位置开关和第三位置开关均安装于安装支架上；在摇臂转动路径上，第一位置开关、第二位置开关和第三位置开关与摇臂配合设置，用于检测摇臂转动角度，并控制液压作动筒停止工作。应用本发明的轻型水陆两栖飞机襟翼控制系统提高襟翼位置控制精度。