本发明公开了一种无刷直流电机控制方法及系统，方法包括获取无刷直流电机的三相端电压，其中，三相端电压包括悬空相端电压与非悬空相端电压；根据非悬空相端电压得到模拟中点电压；根据拉格朗日插值法对悬空相端电压进行线性回归得到线性回归反电动势曲线，并对悬空相端电压进行相位补偿得到补偿反电动势曲线；根据模拟中点电压与补偿反电动势曲线得到换相时间点；根据换相时间点控制输出PWM信号。本发明采用拉格朗日插值法对方波电动势进行线性回归，并进一步对悬空相端电压进行相位补偿以还原反电动势曲线，再结合获取的实时非悬空相端电压得到的中点模拟值即可得到准确的换相时间点，在PWM－OFF阶段也能预估得到反电动势的值，以控制PWM信号输出，从而能够提高换相精度，提高了电机效率，并避免了因失步造成停机的情况。