本发明公开了筛选药物的方法，其包括：(1)提供第一液滴、第二液滴、第三液滴和微井阵列芯片；(2)先将第二液滴加入微井阵列芯片内并落入大微井内，再将第一液滴加入微井阵列芯片内并落入小微井内；(3)使第一液滴和第二液滴发生融合，将微井阵列芯片进行细胞培养；(4)细胞培养完成后，将第三液滴加入空出的小微井内，第三液滴与细胞培养后的第一融合液滴发生融合，得到第二融合液滴；(5)将第二融合液滴进行破乳，收集磁珠，将磁珠上携带的核酸进行建库和测序，基于测序结果筛选出目标药物。