本发明公开了一种基于医学知识库的智能问诊方法与系统，该方法包括获取用户输入的问诊数据；将提取到的问诊数据，输入到智能医学问诊模型中，采用多头自注意力机制，对问诊数据进行症状特征提取，采用症状对齐模块，将提取的症状特征与标准化症状匹配，得到初始问诊结果；进行细节提问，得到症状细节信息；根据症状细节信息和初始问诊结果，得到最终问诊结果。通过进行数据标注和症状分析采用多头自注意力机制和对齐机制对患者描述的数据进行症状识别和匹配，再根据初步预测的问诊结果进行针对性提问，得到细节信息，最终得到问诊结果，相比于现有的依据深度学习网络，本申请更加精确地将注意力聚集到和症状相关的部分，提高症状提取的准确率。