本发明公开了一种基于知识图谱的区域地质结构三维建模方法，包括如下步骤：构建区域地层知识图谱模式层；地层层序表与地质调查图多源数据关联集成，建立区域地质表层与对应深部的层序结构的地层知识图谱数据层；知识图谱引导三维地层建模；知识图谱引导区域地质断层面模拟；地层层面与断层层面交切处理与局部重构，得到区域地质结构三维实体模型。本发明提出的知识图谱引导地层层序表与地质调查图融合的区域构造地质三维建模具有成本低、模型完备的优点，有效地解决了区域尺度地质数据不完备难以精细化三维建模的难题，可以完整准确表达大范围地下情况，对道路选线、城市规划、资源管理等区域性规划决策具有重要意义。