本申请涉及海洋环境检测技术领域，提供了一种海洋水质检测数据处理方法和系统，所述方法包括根据待检测水域的长度和宽度，对所述待检测水域进行区域划分，确定检测点的数量和坐标，并根据海水深度在每个所述检测点的坐标部署海洋水质数据检测设备；根据海洋水质检测的影响因素定义海洋水质数据结构，构建并初始化海洋水质数据智能处理模型；实时采集各个所述检测点的海洋水质检测数据，并对所述海洋水质检测数据进行预处理，生成预处理密态数据；基于所述海洋水质数据智能处理模型对所述预处理密态数据进行数据处理分析，并根据处理分析结果确定所述待检测水域的各个所述检测点的水质情况；从而提升了海洋水质数据检测的效率和精准度。