本发明提供了一种考虑电池动态充电损耗的公交车快充站有序充电方法，包括：根据充电站的运行时间、设备功率限制、数量限制以及公交车发车计划，确定满足公交线路运行的电量需求；基于一阶RC电路模型建立电池发热损耗模型和充电能量转换效率与车载储能系统实际充入的充电功率之间的关系；以一天中充电站的实际用电量最小或一天之中充电站的实际电费最少为目标函数，其中考虑电池发热损耗，以充电站运营时间、充电桩数量、充电桩最大功率、配电容量、电动公交车出行电量需求、电动公交车充电时间连续性为约束条件建立优化模型；使用分段线性化将非线性的优化目标函数模型转换为混合整数凸规划问题，求解混合整数凸规划问题得到最优的充电计划，包括每辆车的最优充电时刻及对应的充电功率。本发明的方法提高了充电的能量转换效率，减少了电池的发热损耗并延长了电池的使用寿命，在提高充电能量转换效率的同时降低了公交车的充电成本，提高了经济性。