本发明涉及一种养殖工船鱼苗入舱缓存系统，箱式鱼水分离器一端可外接活鱼运输船的输出管路，另一端与鱼苗缓存箱连接；箱式鱼水分离器下部镂空，通过真空引水罐提供的负压将鱼苗和水快速分离并对鱼苗拍摄计数，鱼苗通过惯性转运至鱼苗缓存箱中，水流入进真空引水罐；鱼苗缓存箱下部设有可控开闭的鱼苗缓存箱出口，顶部设有附养殖海水接口、抽气接口、通气接口、压力接口、压缩空气接口、压力变送器接口、人孔；两侧壁设有上中下液位开关、视镜、溢流接口，缓存箱内设有拦鱼球壳，鱼苗缓存箱侧壁上设有若干氧气接口，氧气接口内接纳米曝气盘，纳米曝气盘安装处缓存箱内也设拦鱼球壳；鱼苗缓存箱出口处设有底部液位开关。