本发明公开了禾谷镰孢的致病因子在赤霉病防治中的应用，属于生物工程技术领域。本发明发现了4个禾谷镰孢的关键致病基因，分别为基因FSE1、基因FSE2、基因FSE3和基因FSE4，以其为靶点设计RNA农药，对靶点进行沉默，能够抑制禾谷镰孢致病力，有效减轻赤霉病的发生。本发明将RNA农药喷施于小麦后发现，FSE基因在禾谷镰孢侵染小麦穗时表达水平显著降低，小麦穗的发病籽粒数减少，喷施RNA农药能够显著降低禾谷镰孢野生型菌株的致病力。