本发明涉及棉织物领域，特别涉及一种棉织物生物复合酶及其处理棉织物的方法。所述复合酶包含生物复合酶A和生物复合酶B，主要包含碱性淀粉酶、碱性果胶酶、碱性纤维素酶、漆酶、碱性木聚糖酶、葡萄糖氧化酶等成分。上述复合酶专一性高、效率高，采用上述复合酶对纺织品进行前处理对于传统的碱法处理工艺，可以节约大量的能耗、水耗、原料碱、以及废水处理费用等。可有效降低生产成本，减少织物纤维损伤，增加织物白度和毛效，减少环境污染，不仅具有明显的社会效益，也具有重要的经济效益。