本发明涉及污染物检测技术领域，具体涉及一种利用斑马鱼评价环境污染物急性毒性的方法及系统，包括以下步骤：通过数字虚拟技术，将斑马鱼模型在数字平台上进行数字化虚拟构建，得到数字斑马鱼模型；通过数字平台上内嵌的毒性评价模型，根据数字斑马鱼模型的虚拟行为和斑马鱼模型的物理行为，对水体环境中环境污染物的急性毒性进行评价，得到环境污染物的急性毒性评价结果。本发明通过数字虚拟技术通过数字平台上内嵌的行为经验模型以及指纹图谱模拟出数字斑马鱼模型的虚拟行为，从而形成数字化对照组，减少斑马鱼的损耗，实现通过行为监测评价污染物毒性，毒性判断过程直观可视化，且结果客观，精准度高。