本发明涉及一种混合变压器分级调节控制方法及系统，通过控制晶闸管功率阀的导通状态来改变混合变压器的档位，对混合变压器局部绕组电压进行分级调节，输出潮流调节指令相应功率的补偿电压，所述晶闸管功率阀的控制步骤如下：S1、接收潮流调节指令，向晶闸管功率阀当前档位对应的晶闸管发出关断指令；S2、根据晶闸管功率阀两侧的电压和电流，判断晶闸管功率阀当前档位对应的晶闸管是否关断，若是，则向晶闸管功率阀待切入档位对应的晶闸管发出触发信号。与现有技术相比，本发明可以避免环流产生，实现混合变压器档位的快速、安全切换，保障电力系统的可靠稳定运行和良好的电能质量。