本发明提供的一种识别大银鱼转食个体的鉴定方法，涉及水生动物生物学鉴定技术领域，包括步骤一采集样品、步骤二测量指标、步骤三分析指标、步骤四提取DNA扩充、步骤五建立新的统计表、步骤六对步骤五数据进行比对分析、步骤七进一步验证步骤三的准确性；解决了现有技术中转食与未转食个体区分不够准确的问题；本发明通过仅使用头部形态特征，即可判断大银鱼转食与未转食个体的方法，判别容易，可视性好；同时依据筛选出4个变量建立了转食与未转食体的多参数形态判别公式，结合直观指标判别，可进一步提高精度；本发明首次发现了Romboutsia，Vibrio，Psychrobacter，Spiroplasma与大银鱼的食性转化过程显著相关，该微生物标志物可用于判别个体的进一步验证。