本发明公开了主控芯片电机驱动单元控制系统，它的时钟树配置模块将主时钟经过分频后得到各外设时钟；硬件抽象层管脚功能定义模块定义主控芯片对应的各个与外设硬件电子电路连接的PIN脚的上下拉电平状态、初始电平状态、高低电平状态机输入输出方向、相应功能复用配置；中断重置及初始化模块清除主控芯片电机驱动单元中的所有中断标志，初始化外设中断扩展模块的中断向量表，定义中断事件对应的中断源；外设及芯片间通信模块实现上位机向主控芯片传输指令报文；中断向量表维护模块选择对应的中断服务程序，编写相应的中断服务函数。本发明能使主控芯片电机驱动单元稳定工作，保证主控芯片电机驱动单元硬件不被损坏。