本发明涉及一种实时检测活细胞内lncRNA表达水平的方法及其应用，所述方法包括：将携带荧光基团和荧光淬灭基团的发夹DNA修饰到带有纳米针的芯片上，得到捕获探针；将捕获探针通过离心刺入目标细胞，与其共同孵育；分析纳米针芯片上的荧光信号，得到检测结果。将纳米针芯片通过离心刺入细胞时，细胞中的目标lncRNA与纳米针上的发夹DNA互补配对，DNA发夹颈环结构改变，探针的荧光开启，再将纳米针芯片取出，这样目标lncRNA便可以被纳米针捕获，最后通过共聚焦显微镜对纳米针芯片上的lncRNA分子表达谱的荧光图像进行分析和定量。该方法为临床诊断和生物医学研究提供了一个全新的视角和检测平台。