本发明涉及基于变纵波速度的细粒混积岩孔隙压力预测方法及系统，属于非常规油气储层孔隙压力预测技术领域，包括：开展不同有效应力下岩石纵波速度测试，确定声波速度与有效应力间关系的函数形式，通过最优化拟合出函数中参数，分岩性建立有效应力影响项评价模型。根据实测地层压力数据和有效应力影响项模型，反推声波速度背景值，优选测井曲线，建立声波速度背景值测井评价模型；根据DT、DEN等测井曲线，联合岩性识别结果，计算声波速度背景值，进而得到地层有效应力，再根据上覆岩层压力，确定孔隙压力。本发明可以提高细粒混积岩储层孔隙压力预测的效率和精度。