本发明涉及一种农村虚拟电厂两阶段鲁棒调度优化方法和系统，属于电力技术领域，解决两阶段优化与鲁棒随机优化融合问题。方法包括：基于农村虚拟电厂建立各个单元模型，包括VPP、BWEC和CCU单元；基于各个单元模型构建日前确定性调度优化模型，在日前阶段将风光发电预测出力作为随机变量，协调农村虚拟电厂中不同单元设备，根据最小化运行成本和碳排放量制定日前最优调度计划；基于日前确定性调度优化模型和风光发电出力不确定性集合构建实时不确定性调度优化模型，在实时阶段基于风光发电出力不确定性集合修正生物质废物能源转换单元和碳循环利用单元的运行计划，以及调整灵活性负荷需求响应以最小化偏差调整成本。实现了BWEC和CCU两者间的协同优化。