本发明公开了一种频率源自检校准电路及其控制方法，该电路包括参考修正电路和频率源锁相环电路，所述参考修正电路的输入端接入外部基准信号，并将外部基准信号与内部参考信号进行频率比较，计算频率误差，进而修正频率源的输出频率，并作为频率源锁相环电路的参考信号，所述频率源锁相环电路通过频率合成的方式输出频率源信号。本发明解决了频率源因参考晶振的频率因老化等因素产生频率准确度产生偏差时，不能自检校准频率源输出频率的准确度的技术问题，可以将输出频率源的准确定校准到与外部基准参考输入信号的频率准确度保持一致。